La respuesta corta es cuatro noches. La larga tiene que ver con algo que casi ninguna guía menciona: en Atacama el calendario no lo manda la lista de lugares que quieres ver, lo manda la altura.
Por qué la altura decide la duración
San Pedro está a 2.400 metros. Las excursiones más buscadas están bastante más arriba: las Termas de Puritama a unos 3.500, las lagunas altiplánicas sobre los 4.000 y los géiseres del Tatio a 4.320.
El cuerpo necesita días para adaptarse a esa diferencia. Subir a 4.300 metros al día siguiente de llegar es la causa más común de que alguien pase la mañana descompuesto en un lugar espectacular, sin poder disfrutarlo.
La regla práctica: conviene haber dormido al menos dos noches en San Pedro antes de subir sobre los 4.000 metros, y lo ideal es dejar esas salidas para el final del viaje. No es una preferencia, es fisiología.
Qué alcanzas con cada duración
Tres noches
Alcanza para los valles y las lagunas de sal, que están a baja altura y son de tarde. El Tatio también es posible desde el tercer día, porque para entonces ya dormiste dos noches a 2.400 metros, pero queda ajustado: si el clima obliga a mover algo, no hay día de recambio.
Cuatro noches
Es el punto de equilibrio. Permite dos o tres salidas de baja altura los primeros días y dejar el Tatio para el final, con la aclimatación resuelta y sin depender de que todo salga perfecto. Es lo que más se reserva y, en general, lo que recomendamos como mínimo si quieres el viaje completo.
Cinco o seis noches
Aparece algo que en cuatro no cabe: un día sin programa. Suena a desperdicio y es exactamente lo contrario. Después de tres madrugadas seguidas, un día de piscina y pueblo es lo que hace que el resto se disfrute.

Dos días que casi nunca se cuentan bien
El día de llegada
La mayoría de los vuelos aterrizan en Calama a media tarde. Sumando el traslado de una hora y media, llegar a San Pedro y acomodarse ocupa lo que queda del día. Ese primer día no rinde como día de excursión, y además conviene usarlo para aclimatar.
El día de salida
Acá está el error más caro. Los géiseres salen a las cinco de la mañana y vuelven cerca de la una de la tarde. Si tu vuelo despega a media tarde, el margen desaparece con cualquier retraso.
Si quieres hacer una excursión el mismo día de salida, reserva el vuelo después de las 18:00. Es un detalle de reserva que cuesta cero y evita el peor final posible para un viaje.
El orden importa tanto como la cantidad
Dos personas pueden quedarse las mismas cuatro noches y tener viajes muy distintos según cómo estén ordenadas las salidas. Además de la altura, están los horarios: las lagunas de sal y el Valle de la Luna son de tarde, porque el atardecer es parte de la experiencia. Las termas, el salar y el Tatio son de mañana.
Poner dos excursiones de tarde en días seguidos deja dos mañanas vacías. Poner el Tatio en el día dos deja al grupo agotado a mitad de viaje.
Entonces, ¿cuántos días?
Cuatro noches si quieres el viaje completo sin apuro. Tres si vas de paso o si es tu primera vez y volverás. Cinco o seis si viajas en grupo, con niños, o si prefieres que sobren horas en vez de faltar.